In der DDR übernahm die NVA seit ihrer Gründung 1956 sowohl verteidigungspolitische als auch innenpolitische Funktionen. Als Teil des „Warschauer Pakts“, dem Militärbündnis des Ostblocks, unterstand sie de facto dem Kommando des sowjetischen Generalstabs und war auf ihre Rolle innerhalb des Bündnisses ausgerichtet. Neben ihrer Bedeutung für die Landesverteidigung war die „Arbeiter-und-Bauern-Armee“ ein Machtinstrument der SED. Partei und Armee standen in enger Verbindung. Die oberste Führung sowie gut 90 Prozent der Offiziere waren SED-Mitglieder. Auch nutzte die Parteiführung die NVA als ökonomische Nothelferin. Seit den 1980er-Jahren wurden rund 50.000 Soldaten dauerhaft in Betrieben und der Landwirtschaft eingesetzt.
Schon zu Beginn des Jahres 1989 steckte die NVA – wie der SED-Staat insgesamt – in einer schweren Krise. Die Frustration in der Truppe war hoch angesichts der verfestigten inneren Verhältnisse, der schweren Arbeitsbedingungen und der überspitzten Forderungen bei der Gefechtsbereitschaft. Viele Soldaten erhofften sich weitreichende Reformen, die jedoch ausblieben. Bei den Massenprotesten im Herbst 1989 wurden Militärangehörige zusammengezogen, um sie gegebenenfalls gegen die Demonstranten einzusetzen. Dass es hierzu nicht kam, lag zuvorderst am dafür mangelnden Rückhalt aus Moskau.
Mit der Friedlichen Revolution erfasste die Selbstdemokratisierung der DDR auch die Streitkräfte. Im Dezember 1989 traten 300 Soldaten am Standort Beelitz in einen Streik, um gegen ihre Arbeits- und Unterbringungsbedingungen zu protestieren. Ähnliche Demonstrationen folgten im Januar 1990 an etwa 40 weiteren Standorten. Zur Lösung der Probleme erarbeiteten Vertreter der Soldaten, von Kirchengemeinden und der Bürgerrechtsgruppe „Neues Forum“ zusammen mit dem Verteidigungsministerium Reformvorschläge. Diese führten zu relevanten Veränderungen für die Soldaten: die ständige Gefechtsbereitschaft wurde abgeschafft, die Fünf-Tage-Woche eingeführt, die Wehrplicht auf zwölf Monate und der Wehrdienst von drei auf zwei Jahre reduziert. Dies führte auch zu einer wesentlichen Verringerung der Truppengröße. Umfasste die NVA am Ende des Jahres 1989 noch circa 168.000 Soldaten, waren es zum 3. Oktober 1990 nur noch 90.000 Soldaten sowie rund 39.000 Wehrdienstleistende und etwa 48.000 zivile Beschäftigte.
Nach der Volkskammerwahl vom 18. März 1990 begann die letzte und zugleich erste demokratisch gewählte DDR-Regierung ihre Arbeit. Im Kabinett von Ministerpräsident Lothar de Maizière wurde der ehemalige Bausoldat und DDR-Oppositionelle Rainer Eppelmann „Minister für Abrüstung und Verteidigung der DDR“.
Eppelmann strukturierte sein Ministerium neu und besetzte es mit einer rein zivilen Führung. Zu den ersten Beschlüssen des neuen Ministeriums gehörten ein demokratischer Fahneneid für die Militärangehörigen sowie die Schließung des Militärgefängnisses in Schwedt/Oder. Auch wurden offizielle Beziehungen zur Bundeswehr aufgenommen. Anfängliche Überlegungen, die NVA als eigenständige Armee in einem geeinten Deutschland zu erhalten, wurden obsolet, nachdem Bundeskanzler Helmut Kohl mit dem sowjetischen Präsidenten Michael Gorbatschow im Juli 1990 die gesamtdeutsche Mitgliedschaft in der NATO vereinbaren konnte. Mit der deutschen Einheit wurde die NVA aufgelöst und teilweise in die Bundeswehr überführt. Am 2. Oktober 1990 übernahm Bundesverteidigungsminister Gerhard Stoltenberg (CDU) die Befehls- und Kommandogewalt über die gesamtdeutschen Streitkräfte.
Die Führung der verbliebenen NVA-Angehörigen übernahm am 3. Oktober 1990 das Bundeswehrkommando Ost unter Generalleutnant Jörg Schönbohm. Vor dem Hintergrund internationaler Vereinbarungen musste die gesamtdeutsche Bundeswehr verkleinert werden. Der Zwei-plus-Vier-Vertrag, mit dem die alliierten Siegermächte der deutschen Einheit zustimmten, sah eine Reduzierung der zum Zeitpunkt der Wiedervereinigung knapp 500.000 Angehörige umfassenden Bundeswehr auf 370.000 Soldaten bis zum Jahr 1994 vor. Um dies zu erreichen, sollte der Anteil von Wehrdienstleistenden verringert, als problematisch eingeschätztes NVA-Personal abgebaut und großzügige Ruhestandsregelungen für Bundewehr-Angehörige in Kraft treten. Daher wurden – in Ost wie West – eine Vielzahl an Dienststellen dauerhaft geschlossen. Von den Liegenschaften der NVA, die oftmals in desolatem Zustand und ökologisch schwer belastet waren, übertrug die Bundeswehr rund 70 Prozent an Länder und Kommunen.
Die Wehrdienstleistenden der NVA konnten ihren Dienst in der Bundeswehr beenden. Von den zivilen Beschäftigten wurde rund ein Drittel langfristig übernommen. Ehemalige NVA-Soldaten, die im Armeedienst bleiben wollten, wurden zunächst befristet auf zwei Jahre eingestellt. Letztlich wurden 10.800 von ihnen dauerhaft in die Bundeswehr übernommen. Die Eingliederung des militärischen NVA-Personals folgte einem mehrstufigen Auswahlprozess. Dieser wurde von Beginn an von kontroversen Diskussionen in- und außerhalb der Streitkräfte begleitet. Als grundsätzliche Ausschlusskriterien für eine Weiterbeschäftigung galt unter anderem die Mitarbeit beim Ministerium für Staatssicherheit sowie dessen Nachfolgeorganisation. Ein Großteil der Unteroffiziere sowie fast das ganze übrige Offizierskorps der NVA wurden aufgrund ihrer politischen Rolle im SED-Staat entlassen. Viele waren auch nicht bereit, die Uniform des ehemals staatlich propagierten „Klassenfeindes“ zu tragen und schieden freiwillig aus dem Dienst aus. Für die gut 3.000 NVA-Offiziere, die man letztlich übernahm, war der Übergang in die Bundeswehr zumeist mit einer Herabstufung des Dienstgrades verbunden. Dies geschah, weil Anforderungen und Qualifikationen der NVA nicht den Maßgaben der Bundeswehr entsprachen und viele NVA-Offiziere, gemessen an ihrem Lebensalter, relativ schneller befördert worden waren als Offiziere der Bundeswehr.
Am 1. Juli 1991 wurde das Bundeswehrkommando Ost aufgelöst und alle bis dato aufgestellten Verbände und Einheiten in Ostdeutschland den Inspekteuren der Teilstreitkräfte unterstellt. Durch eine gezielte Einberufungs- und Versetzungspolitik wurde die personelle ‚Durchmischung‘ der Einheiten und Verbände vorangetrieben, um die Interaktion und den Wissensaustausch zwischen den ost- und westdeutschen Soldaten zu befördern. Dieser aktive Beitrag zur deutschen Vereinigung drückte sich auch im Selbstverständnis der Bundewehr als „Armee der Einheit“ aus. Als solche hat sich die gesamtdeutsche Bundeswehr tiefgreifend verändert. In den 1990er-Jahren wurde sie zu einem Instrument globaler Konfliktverhütung und Krisenbewältigung und eine Armee im weltweiten Einsatz.