Für die Einrichtung der Lager wurden ehemalige Kriegsgefangenenlager und nationalsozialistische Konzentrationslager und Zuchthäuser genutzt. Die ersten Lager befanden sich in Berlin-Hohenschönhausen, in Ketschendorf bei Fürstenwalde, in Fünfeichen sowie in Weesow bei Werneuchen und wurden Ende April/Anfang Mai 1945 eingerichtet.
Die Gesamtzahl der in den Lagern Gefangenen belief sich auf bis zu 158.000; etwa 44.000 Menschen überlebten die Lager aufgrund der katastrophalen Haftbedingungen nicht. Die meisten Häftlinge wurden ohne Gerichtsurteil oder Untersuchungen in den Lagern festgehalten. Erst gegen Ende 1945 kamen zunehmend auch Personen in die Lager, die zuvor von Sowjetischen Militärgerichten (SMT) verurteilt worden waren. Die Urteile bezogen sich in der Regel nicht auf Taten, die während der NS-Herrschaft begangen worden waren, sondern die Mehrzahl der Urteile unterstellte den Häftlingen oft unbewiesene Spionageakte oder wurde wegen sogenannter „antisowjetischer Tätigkeit“ oder „Propaganda“ entsprechend dem berüchtigten Artikel 58 des Russischen Strafgesetzbuches verhängt.
1948 wurden die meisten Lager geschlossen und rund 27.750 Menschen entlassen. 1950 wurden die letzten drei verbliebenen Lager in Sachsenhausen, Buchenwald und Bautzen aufgelöst. Mehrere Tausend Häftlinge wurden den Behörden der 1949 gegründeten DDR übergeben und in Zuchthäuser nach Waldheim, Hoheneck, den Roten Ochsen in Halle/Saale und viele weitere gebracht. Etwa dreieinhalb Tausend Häftlinge wurden 1950 in den sogenannten Waldheimer Prozessen in Schnellverfahren, die oft nur wenige Minuten dauerten und ohne Beweiserhebung oder Möglichkeiten der Verteidigung sowie ohne Rechtsbeistand als Nazi- und Kriegsverbrecher nachverurteilt.
In der DDR wurde die Geschichte der Lager jahrzehntelang tabuisiert; in der Bundesrepublik fiel sie dem Vergessen anheim. Erst nach dem Ende der kommunistischen Diktatur in der DDR konnte die Geschichte der Speziallager und das Schicksal der dort Gefangenen öffentlich thematisiert und systematisch wissenschaftlich erforscht werden. Viele Familien erhielten erst dann Aufklärung über das Schicksal ihrer nach Kriegsende verschwundenen Angehörigen.