Am 5. Juni 1998 wurde im Deutschen Bundestag das Gesetz über die Einrichtung einer „Stiftung zur Aufarbeitung der SED-Diktatur“ beschlossen. Der Bundestag folgte damit einer Empfehlung der Enquete-Kommission des Bundestages, die sich zwischen 1992 und 1998 mit der Geschichte der SED-Diktatur und ihrer Folgen für die Deutsche Einheit beschäftigte.

Der gesetzliche Auftrag der Bundesstiftung lautet, umfassende „Aufarbeitung der Ursachen, Geschichte und Folgen der Diktatur in SBZ und DDR“ zu befördern, den Prozess der Deutschen Einheit zu begleiten, den antitotalitären Konsens zu stärken, die Erinnerung an die Opfer und das geschehene Unrecht wachzuhalten und an der Aufarbeitung von Diktaturen im internationalen Maßstab mitzuwirken. Dies geschieht zum einen über eine umfangreiche bundesweite Projektförderung, bei der bisher über 3.500 Vorhaben bundesweit finanziert werden konnten. Zum anderen tritt die Bundesstiftung gemeinsam mit anderen Institutionen und zahlreichen Partnern im In- und Ausland mit eigenen Angeboten und Aktivitäten an die Öffentlichkeit, um die Auseinandersetzung mit den kommunistischen Diktaturen in der SBZ/DDR und in Ostmitteleuropa und das öffentliche Bewusstsein über die kommunistische Gewaltherrschaft zu befördern.