An der Spitze der Bundesstiftung zur Aufarbeitung der SED-Diktatur steht der auf fünf Jahre gewählte Stiftungsrat, dem Vertreter des Bundestages, der Bundesregierung, des Landes Berlin sowie in Fragen der Aufarbeitung besonders engagierte Personen angehören. Vorsitzender dieses Gremiums ist Markus Meckel. Der Stiftungsrat beschließt über alle Fragen von grundsätzlicher Bedeutung, die zum Aufgabenbereich der Stiftung gehören, und kontrolliert die Tätigkeit des Vorstandes.
Der ehrenamtlich tätige Vorstand führt die Geschäfte der Bundesstiftung. Ihm gehören Rainer Eppelmann, Ralph Jessen, Christine Lieberknecht, Gerd Poppe und Waltraud Schreiber an.
Die Arbeit der Bundesstiftung Aufarbeitung wird durch die prominent besetzten Fachbeiräte "Gesellschaftliche Aufarbeitung/Opfer und Gedenken" sowie "Wissenschaft" unterstützt.