Prof. Dr. Jörg Ganzenmüller wurde 1969 in Augsburg geboren. Von 1992 bis 1999 studierte er Neuere und Neueste Geschichte, Osteuropäische Geschichte und Wissenschaftliche Politik an der Albert-Ludwigs-Universität Freiburg. Von 2000 bis 2001 und von 2002 bis 2004 war er Wissenschaftlicher Mitarbeiter am dortigen Lehrstuhl für Neuere und Osteuropäische Geschichte. 2003 wurde er bei Prof. em. Dr. Gottfried Schramm mit der Arbeit „Das belagerte Leningrad: Eine Großstadt in der Strategie von Angreifern und Verteidigern“ promoviert. Von 2004 bis 2008 und von 2009 bis 2010 war Prof. Dr. Jürg Ganzenmüller Wissenschaftlicher Mitarbeiter am Lehrstuhl für Osteuropäische Geschichte der Friedrich-Schiller-Universität Jena. Von 2008 bis 2009 forschte er im Rahmen eines Förderstipendiums am Historischen Kolleg in München und wurde 2010 mit einer Studie zum Thema „Russische Staatsgewalt und polnischer Adel“ an der Universität Jena habilitiert. Seit 2017 hat Prof. Dr. Jörg Ganzenmüller die Professur für Europäischen Diktaturenvergleich an der Friedrich-Schiller-Universität Jena inne.
Seit Dezember 2014 ist Prof. Dr. Jörg Ganzenmüller Vorstandsvorsitzender der Stiftung Ettersberg, die der vergleichenden Erforschung europäischer Diktaturen und der Aufarbeitung der SED-Diktatur gewidmet ist.
Er ist Mitglied im Fachbeirat Gesellschaftliche Aufarbeitung/Opfer und Gedenken der Bundesstiftung zur Aufarbeitung der SED-Diktatur, im Beirat der Stiftung Gedenk- und Begegnungsstätte Leistikowstraße sowie Mitglied im Beirat des Landesbeauftragten des Freistaats Thüringen zur Aufarbeitung der SED-Diktatur.
Forschungsschwerpunkte von Prof. Dr. Jörg Ganzenmüller sind die Nationalsozialistische Vernichtungspolitik im Zweiten Weltkrieg, der Stalinismus in der Sowjetunion, die Erinnerung an Diktatur und Krieg in Deutschland und im östlichen Europa, der Europäische Diktaturenvergleich, die deutsch-polnisch-russischen Beziehungen vom 18. bis zum 20. Jahrhundert und die Sportgeschichte Osteuropas.