Stiftungsrat
An der Spitze der Bundesstiftung zur Aufarbeitung der SED-Diktatur steht der auf fünf Jahre gewählte Stiftungsrat, dem Vertreter des Bundestages, der Bundesregierung, des Landes Berlin sowie in Fragen der Aufarbeitung besonders engagierte Personen angehören. Der Stiftungsrat beschließt alle Fragen von grundsätzlicher Bedeutung, wählt den Vorstand und kontrolliert dessen Tätigkeit.
Stiftungsvorstand
Der auf fünf Jahre bestellte Vorstand leitet die Arbeit der Stiftung.
Fachbeiräte
Die Arbeit der Bundesstiftung Aufarbeitung wird durch zwei Fachbeiräte unterstützt.