In Büchern und Artikeln setzt er sich kritisch mit dem staatlichen Unrecht auseinander. Als Redakteur und später Leiter der „Ost-West-Redaktion“ beim Deutschlandfunk kommen zahlreiche Radiostücke und Kommentare hinzu. Vor der Friedlichen Revolution 1989 setzt sich Fricke als einer von ganz Wenigen mit Widerstand und Opposition in der DDR auseinander und informiert die Menschen in West- und Ostdeutschland immer wieder über die wahren Verhältnisse. Seine sachlichen und faktenreichen Analysen sind bis heute von herausragender wissenschaftlicher Relevanz.
Schon früh steht der 1929 im anhaltinischen Hoym geborene Karl Wilhelm Fricke den kommunistischen Machthabern skeptisch gegenüber. 1946 wird sein Vater von der sowjetischen Geheimpolizei abgeholt, ein erstes Lebenszeichen erhält die Familie erst 1950: Karl Oskar Fricke war in den Waldheimer Prozessen zu zwölf Jahren Zuchthaus verurteilt worden, zwei Jahre später stirbt er in der Haft.
Das Schicksal seines Vaters bestärkt Karl Wilhelm Fricke in seiner kritischen Haltung zum SED-Regime. Nach einer entsprechenden Äußerung wird er denunziert und im Februar 1949 selbst verhaftet. Doch Fricke kann entkommen und flieht über die innerdeutsche Grenze in den Westen. In Wilhelmshaven und West-Berlin studiert er Politikwissenschaft und berichtet als Journalist über Verfolgung und Repression in der DDR.
Den kommunistischen Machthabern wird er damit gefährlich. Am 1. April 1955 lockt ihn die Staatssicherheit in eine Falle, betäubt wird Karl Wilhelm Fricke in den Ostsektor der Stadt verschleppt. 15 Monate lang wird er im Stasi-Untersuchungsgefängnis Berlin-Hohenschönhausen verhört, dann in einem Geheimprozess wegen „Kriegs- und Boykotthetze“ zu vier Jahren Zuchthaus verurteilt. Seine Strafe muss Karl Wilhelm Fricke in der berüchtigten Sonderhaftanstalt Bautzen II in Einzelhaft verbüßen.
Nach seiner Haftzeit geht Fricke zum zweiten Mal in die Bundesrepublik und setzt seine gewaltsam unterbrochene journalistische und wissenschaftliche Arbeit fort. Nach dem Ende der DDR wird Karl Wilhelm Fricke als Sachverständiger in beide Enquete-Kommissionen des Deutschen Bundestags zur Aufarbeitung der SED-Diktatur berufen. Er wird Vorsitzender des Fachbeirats Gesellschaftliche Aufarbeitung der Bundesstiftung zur Aufarbeitung der SED-Diktatur. 1996 verleiht ihm die Freie Universität Berlin die Ehrendoktorwürde, 2001 wird er mit dem Bundesverdienstkreuz 1. Klasse ausgezeichnet.
2017 erhält den ersten, nach ihm benannten Preis der Bundesstiftung zur Aufarbeitung der SED-Diktatur für sein Lebenswerk.
